在郑大三附院羊水穿刺花了5000多医疗保险是不能报销的，因为医疗保险是只能报销孕期必要的一些检查的，而羊水穿刺归属于是附加的项目，是需要自费的，因此说花了五千元是报销不了的，但是某些医院可能会有优惠项目，因此是可以减少数部分的检查费用的，所以说女性做检查前其实可以先去咨询一下的。

一般来说，羊水穿刺的费用都在2000左右，但是不同的医院是有不同的收费标准的，并且价格越高的话，就是越安全的，出现流产这种不测情况的风险亦会更小，所以说这项检查在胎儿可能出现畸形的条件下是很有必需的，所以说不论费用是好多同样是需做的，而羊水穿刺之所以不能报销，主需要有以下缘故：

1. 首先就是这项检查不是必要的检查，大多数情况都是孕妇自己有需要才会建议去做，所以说这项检查是不能通过医保报销的；2. 而且这项检查的费用也不是固定的，有的医院费用就两千多，有的医院费用就五六千，所以说这种情况下是不好报销的；3. 最后这项检查并不是所有孕妇在孕期都会做的检查，是只有小部分孕妇才会做的，所以说这种情况是需要自费的。