会，因为疾病的类型有很多，三代试管虽然能够筛选和剔除绝大部分异常的胚胎，但也会出现筛查不完全的可能，即使进行了筛查操作，也无法保证移植的胚胎就是健康的。此外，胚胎在生长发育过程中容易受到很多因素的影响，会导致原本健康的胚胎在移植前期出现问题。所以在做三代试管成功怀孕后，大家也要定期去医院做好相关的检查，最大程度上降低胎儿畸形的可能性。

对于染色体异常或者家族有遗传病的患者来说，如果想避免将相关的疾病遗传给孩子，那么通过三代试管婴儿，将携带异常基因的胚胎筛选掉，保留健康胚胎移植到女性宫腔内。但提醒大家，即使做了这项技术，也无法保重筛查后的胚胎完全健康，原因如下：

1、无法筛查所有疾病

虽然三代试管能够对胚胎的染色体或基因，筛选出正常的胚胎进行移植。但疾病有成千上万种，目前三代试管技术只能筛选出常见的基因或染色体疾病，不能将所有的基因或染色体疾病全部筛查出来，因此还会存在胚胎异常的问题；

2、会受到外界影响

胚胎在生长发育过程中可能受外界因素的影响，比如实验室环境受到了一定的污染等，原本健康的胚胎可能在移植前或者移植后会出现变异，从而生下畸形儿。

话说如此，但大家也不要想太多，因为三代试管发展成熟，胚胎检测率也很高，而且现在疾病都是比较常见的，稀少的较少，所以能够在大程度上保证移植到宫腔内的胚胎是正常健康的，有问题的可能性很低，如果有染色体异常问题，还是可以去进行三代试管治疗的。