会影响。因为不管是正常受孕还是做试管，子宫内膜都是胚胎着床的重要场所，而雌二醇和孕酮低说明女性的激素不稳定，存在激素异常的情况，从而会影响到子宫内膜的环境。那么胚胎的着床也会比较困难，就会影响到成功的几率。即使勉强着床了胚胎也不能完全稳固，非常容易流产、胎停的情况，所以，患者要注意调理好自己的激素情况。

雌二醇和孕酮是女性体内重要的激素，在试管婴儿治疗时，成功率会受到很多因素的影响，比如患者年龄、卵巢功能、内膜状态等，而如果雌二醇和孕酮数值都比较低，可能会导致胚胎不容易着床，影响试管成功的几率，不仅如此，还会增加不良妊娠几率，具体如下：

1、降低试管成功率：移植前孕酮和雌二醇偏低确实会影响囊胚着床，因为孕酮于女性子宫内膜有一定的镇定作用，若是孕酮偏低的话，就会影响子宫内膜，进而导致胚胎难以着床，降低试管婴儿的成功率；

2、增加不良妊娠几率：如果雌二醇和孕酮低的患者移植成功了，还是有可能因为孕酮太低，导致胚胎不能完全稳固在子宫内膜上面，那么是非常容易出现流产、胎停育等等情况。

正常来讲，如果雌二醇和孕酮低移植胚胎的着床几率不是很大，因为它会影响内膜稳定性，从而影响着床，甚至是导致失败，而且要知道孕酮低危害也有很多，可能会导致流产，所以是不建议孕酮低移植胚胎的，最好还是先将雌二醇和孕酮调理到正常水平后，然后再前往医院进行试管婴儿进行治疗，这样才能降低对于试管的影响。