不可以，因为5公分的巧克力囊肿已经达到了手术指标，若不进行处理，它会影响卵泡的正常发育和卵巢的正常排卵，同时可能干扰卵巢功能，进而降低胚胎着床率。此外，在治疗过程中使用到的药物还有可能会导致本身就比较偏大的巧克力囊肿加重，影响到身体健康，同时也不利于胎儿的正常发育，所以为了确保自身和胎儿健康，提高试管成功率，通常都是需要切除了才能做试管。

试管婴儿技术是帮助无法自然怀孕的患者实现生育的一种方式，加上问世多年，技术成熟，所以不少人都会选择通过这个方法来进行备孕。然而，若是本身就患有巧克力囊肿，体积已经达到了5公分的话，是没有办法之间进行试管相关治疗的，因为会产生以下这些影响：

1、影响卵泡发育与排卵‌：巧克力囊肿可能会导致卵巢功能受到影响，使体内的雌激素水平发生异常改变，影响到卵巢的正常功能，影响卵泡的正常发育和排卵；

2、降低胚胎着床率：巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，会导致盆腔内的子宫内膜异位到卵巢上，使卵巢的功能受到影响，从而影响到胚胎的着床；

3、不利于身体健康：在做试管婴儿期间，会使用到各种激素药，而这可能会导致病情的加重，甚至出现其他的安全问题；

4、影响胎儿健康‌：巧克力囊肿患者一般身体素质较差，即使成功怀孕，发现流产的概率也比较高，而且还会因为无法为胎儿提供良好的生长环境，进而影响胎儿的健康发育‌。

鉴于上，不建议直接试管，最好先进行巧克力囊肿的剔除手术，术后痊愈并等身体恢复好后再考虑做试管婴儿，这样可以提高试管婴儿的成功率，并减少并发症的发生‌。但在某些特殊情况下，如年龄较大、生育需求迫切且囊肿未引起明显症状时，医生权衡利弊后可以进行，那么就可以不用。